Болезнь слизистых оболочек, известная также как вирусная диарея крупного рогатого скота (ВД КРС), является вирусным заболеванием, встречающимся среди всех парнокопытных животных (Dufell S.J., Harkness J.W. 1985). Заболевание протекает с развитием респираторного или диарейного синдрома. В патогенезе этой болезни характерным моментом является блокирование иммунореактивности организма в следствие поражения иммунокомпетентных клеток. (Roth J.A.,Kaeberie M.L. 1983). Иммунодепрессивное деиствие вируса вызывает трудности в серологической диагностике вирусной диареи, в то же время частые случаи персистентной инфекции, наличие нецитопатогенных штаммов, затрудняют выяснение роли вируса в конкретной эпизоотической ситуации. Сегодня на фоне более технологичных и чувствительных методов, зонды не потеряли своей актуальности, ведь для диагностики заболевания вирусной диарей, не достаточно выявить РНК вируса в пробе. Проведение молекулярной гибридизации in situ (в гистосрезах или мазках) не только позволяет идентивицировать вирус, но и показать в каких клетках он репродуцируется, с какой интенсивностью, как это связанно с, имеющим место, патологическим процессом и т.д.

Промежуточным этапом получения ДНК зондов к вирусной РНК, является разработка реакций обратной транскрипции и амплификации транскрипта (ОТ-ПЦР). В рамках этой задачи был произведен поиск праймеров на основе нуклеотидной последовательности генома вируса ВД-БС 1-го типа Oregon C24. В процессе работы использовался пакет програмного обеспечения "Lasergen". В первой серии экспериментов были получены оптимальные последовательности праймеров: Праймер ОТ 3 место локализации 3874-3894 п.н. Праймеры ПЦР 2 верхний и нижний локализация ПЦР-продукта - 4252-4756 п.н. Компьютерное моделирование ОТ-ПЦР с помощью программы "Primer Select" показало, что присутствие этих праймеров обеспечивает амплификацию фрагмента на РНК штамма Аlfort вируса классической чумы свиней (КЧС) и некоторые из праймеров не гибридизируются с РНК штамма Оsloss вируса ВД-БС. С целью разработки ОТ-ПЦР имеющей более широкий круг задач, была проведена дополнительная серия экспериментов. Матрица была составлена из 2-х полных последовательностей геномов вируса ВД-БС (Oregon C24), и вируса КЧС (Alfort). Это позволило автоматизировать процесс исключения из выборки пар праймеров неспецифически связывающихся с РНК вируса КЧС. Полученные последовательности 80 пар праймеров были дополнительно протестированы на специфичность с помощью моделирования ПЦР в присутствии РНК других штаммов КЧС, последовательности которых имеются в компьютерной базе Genbank. Дополнительно были исключены пары праймеров, работа которых не стабильна на матрицах РНК штаммов NADL и Osloss.

Lisocim@mail.ru Василию Николаевичу